Romaani tegevus toimub uue talurahvaseaduse (1856) tuleku ajal. Vilde tegelased on terve elu uut seadust oodanud. Ent mõisahärrad käsivad uute kontrahtidega oodata, kuni kogu maa on uuesti välja mõõdetud. Rahutus liigub nagu „maruhoog üle maa”. Teose kulminatsiooniks on talupoegade vastuhakk 1858. aasta suvel Mahtra mõisas ja nende karistamine 1859. aasta veebruaris. Vilde aga ei salga, et talupoegadele sai saatuslikuks nende oskamatus seadust tõlgendada. Sõja otsesed põhjused peituvad niisiis vastuolus ülesköetud lootuste ja seaduse talurahvale seletamisega venitavate sakste vahel.
Kuigi Vilde kasutas ohtralt arhiivimaterjali ja mälestusi, ei ole põhjust pidada „Mahtra sõda” dokumentaalromaaniks. Teose keskmeks olev Vaitla mõis on välja mõeldud ja kujutab endast vastuolude koondpilti. Mõisnikud elavad paradiislikus põlves, talupoegade osaks jääb üksnes raske töö ja aganane leib. Järelromantika vooluvees raamistab Vilde ühiskondlikud vastuolud õilsate ja alatute tegelaste vastandusega. Tegevustikku käivitavad intriigid on klassikalised: pealesunnitud abielud ja salajased armumised, mille teel seisab sotsiaalne ebaõiglus.